La produzione farmaceutica può essere descritta come un processo in cui ingredienti solidi e liquidi, insieme a materiali chimici, vengono miscelati in operazioni di formulazione per produrre soluzioni, sciroppi, sospensioni, paste e unguenti che possono essere infine utilizzati come medicinali per uso umano o veterinario.

Durante molte di queste fasi produttive viene utilizzata una quantità significativa di acqua, che deve essere trattata prima di poter essere riutilizzata o scaricata nel sistema fognario pubblico. Il processo produttivo genera inoltre emissioni gassose che devono essere trattate prima del rilascio in atmosfera.

Gli inquinanti atmosferici della produzione farmaceutica sono principalmente composti organici volatili (COV) e particolato (PM). Gli effluenti liquidi derivano dalla pulizia delle apparecchiature e possono contenere residui organici tossici, in base alla composizione del prodotto, agli ingredienti utilizzati nel processo e ad altri dettagli specifici di lavorazione. Anche le acque di raffreddamento, generalmente ricircolate, necessitano di un certo grado di trattamento.